คณะกรรมการบริหารสมาคมฯ ได้รับเลือกตั้งจากสมาชิก และจะดำรงตำแหน่งอยู่ในวาระคราวละ 2 ปี
ประกอบด้วย นายกสมาคมฯ และกรรมการบริหาร ทั้งหมดไม่เกิน 19 คน

โดยจะประชุมเป็นประจำทุกเดือน เพื่อดำเนินกิจกรรมสำหรับสมาชิกและสังคม ตลอดจนการประกอบกิจกรรม เพื่อเชื่อมสัมพันธไมตรีอันดีระหว่างชาวญี่ปุ่น และองค์กรญี่ปุ่นในประเทศไทย เช่นสถานทูตญี่ปุ่น สมาคมญี่ปุ่น มูลนิธิญี่ปุ่น สมาคมไทย-ญี่ปุ่น เป็นต้น